サイトAとBを作成すると想定．

# cp /etc/apache2/sites-available/000-default.conf vhost-siteA.conf
# cp /etc/apache2/sites-available/000-default.conf vhost-siteB.conf

vhost-siteA.confを以下のように編集

<VirtualHost *:80>
...
        ServerName site1.com
        ServerAlias www.site1.com
        ServerAdmin webmaster@localhost
        DocumentRoot /var/www/html/site1
...
        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/site1.error.log
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/site1.access.log combined
...
</VirtualHost>

vhost-siteB.confも同様に編集する．

# a2ensite vhost-siteA.conf
# a2ensite vhost-siteB.conf
# a2dissite 000-default.conf
# systemctl reload apache2.service